Protos puede presumir de contar con varias bodegas, de distintas denominaciones, diferentes en forma, pero muy semejantes en cuanto a fondo; la búsqueda de la calidad por encima de todo.
Así Protos, cuenta con dos bodegas en en corazón de la Ribera del Duero: Peñafiel (Valladolid) y Anguix (Burgos) donde se elaboran sus afamados tintos de crianza y los envejecidos. Protos ha desarrollado un programa de I+D+i único.
Sistrol ha realizado el Sistema de Control y la climatización de la bodega.